药物治疗方法并非适合所有的早期宫外孕患者。此种方法通常可用于病灶较小，血绒毛膜促性腺激素小于5微摩尔/升，且其血常规及肝、肾功能均正常的宫外孕患者。宫外孕每个女性都应引起重视，对这疾病要有所了解，做到预防。在采用药物治疗的患者中，约有10%的患者不能一次治疗成功，需做第二次治疗。还有少数患者在进行药物治疗时会发生输卵管破裂，需接受手术治疗。
此种方法的治疗机理是：通过给患者服用药物来杀死其异位妊娠的胚胎，达到既治愈宫外孕又保留输卵管的目的。宫外孕药物流产治疗方法常用的此类药物有氨甲蝶呤和米非司酮。氨甲蝶呤是一种细胞毒性抗癌药，用它治疗早期异位妊娠所需的剂量很小，不会给人体造成不良后果。这是一种安全性和有效性都较好的药物。此药可通过静脉给药，也可通过肌肉注射给药。米非司酮是一种孕激素拮抗剂，主要用于流产。用此药治疗宫外孕也有较好的疗效。
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