宫外孕主要采用手术治疗，在确诊后就要立刻做手术，一般采用全输卵管切除术的方法，如果有绝育要求者还可以同时做结扎手术，对于有生育要求的年轻女性，如果对侧输卵管已切除或有明显的病变，可以采用保守性手术治疗，保留输卵管及其生育功能。
手术时要根据患者的全身情况，以及孕卵着床的部位，还有输卵管病变的程度来选择手术方式，如果是伞端妊娠，可以从壶腹部妊娠行切开术取出孕卵；如果是峡部妊娠，则可以行病灶切除及断端吻合术；而输卵管间质部妊娠可以根据病变的情况做患侧子宫角切除或全子宫切除术。
还有一种宫外孕的手术保守治疗，不切除输卵管，也叫开窗治疗，就是在输卵管妊娠的地方开窗，挤出胚胎，然后再缝合该处的输卵管。这样做不但保留了输卵管，又避免了药物保守治疗可能造成的胚胎原位极化，进而堵塞输卵管，对于有生育要求的人来说，这是一种很好的治疗办法。
任何手术都存在危险，宫外孕手术也不例外，近年来国内外开展腹腔镜诊断和治疗输卵管妊娠，可以准确诊断病因并进行治疗，大大降低了手术的危险性，所以广大患者可以放心治疗。
